EFS i Sydsverige bildades 1997 då de två EFS-distrikten ”EFS i Västra Skåne” och ”EFS i Östra Skåne och Blekinge” slogs ihop. De båda tidigare distrikten hade i sin tur sin grund i de äldre regionala strukturerna ”Västra Skånes Missionsförening” (bildad 1856) och ”Centralföreningen för Södra Skånes evangelisk-lutherska missionsföreningar” respektive ”Kristianstads Traktatsällskap” (bildat 1855).